Em Viagem 2 A Ilha Misteriosa começa quando Sean capta uma mensagem codificada vinda deuma ilha misteriosa localizada em umponto onde não deveria haver nada. Um lugar com formas de vida estranhas, montanhas de ouro, vulcões mortais e diversos segredos surpreendentes. Sem conseguir impedi-lo de ir, o novo padrasto de Sean parte com ele na viagem.